Højteknologifonden ledes af en selvstændig bestyrelse på ni personer udpeget i deres personlige egenskab af ministeren for videnskab, teknologi og udvikling.
Bestyrelsen har den fulde kompetence til inden for lovens rammer og Europa-kommissionens regler om statsstøtte at fastsætte fondens konkrete støtteprofil, herunder hvilke satsninger og projekter der skal tildeles støtte.
Alle satsninger og projekter skal leve op til tre kriterier:
- åbenbart erhvervsmæssigt potentiale
- teknologioverførsel
- samarbejde mellem offentlige forskningsinstitutioner og private virksomheder.
Herudover kan Centre for Videregående Uddannelse og/eller offentlige virksomheder deltage.
Højteknologifondens kapital tilføres gradvis via de årlige finanslove, så fonden i 2012 tilstræbes at have en grundkapital på 16 mia. kr. Al støtte skal gives på baggrund af en vurdering af faglig kvalitet og erhvervsmæssig relevans.
Til den vurdering kan bestyrelsen vælge at nedsætte egne faglige underudvalg, mens forskningsfaglige vurderinger skal indhentes i forskningsrådssystemet eller Danmarks Grundforskningsfond.
Fonden har sit eget sekretariat, der ledes af en direktør.
